Jan Kuijken a étudié le violoncelle et le piano à l’académie de musique d’Asse.
Il a participé à une multitude de projets hétéroclites : Urbanised (Luk Mishalle, Trevor Watts), Fukkeduk, Variations on a Love Supreme (Fabrizio Cassol, Kris Defoort), Daniel Schell & Karo, Passages (Kris Defoort)… Il crée également ses propres compositions, dont deux quatuors. Il a écrit la musique de trois spectacles de danse de Karine Ponties et De Afscheidssymfonie pour l’ensemble Oxalys.
En 1992, il a remporté le Grand Prix International de Vidéo-danse à Paris pour sa composition pour Tristitia. En 2000, il a composé à la demande de l’ensemble Ictus une œuvre pour le programme Silent Movies.
Depuis 2008, Jan Kuijken collabore régulièrement avec l’actrice et créatrice de théâtre néerlandaise Marlies Heuer, avec qui il a réalisé trois spectacles (Dubbelconcertino, Szymborska ! et Happy Days).
Depuis 2000, il est compositeur en résidence chez LOD.
Jan Kuijken crée des représentations où sa musique fait corps avec le jeu des acteurs. Cette approche se manifeste dans les concerts dramatiques conçus par Jan Kuijken avec Josse De Pauw, Die Siel van die Mier/L’Âme des termites (2004) et Liefde/ses mains (2007). Il a également créé Combien d’années compte novembre, une rencontre entre une installation, la poésie, la musique et la vidéo. En avril 2011, il a réalisé De Gehangenen/Les Pendus, de nouveau en collaboration avec Josse De Pauw. En 2014, a été créé HUIS.. À partir de 2017, Jan Kuijken composera la musique d’une partie de la trilogie que prépare Josse De Pauw.